东晋历史
东晋（317年－420年），是由西晋宗室司马睿南迁后建立起来的政权，建都洛阳的西晋覆亡，史称东晋，此外，史书中又仿东汉称中汉，称东晋为中晋，寓以晋室中兴之意；又东晋统治地区大部分在江东，古称江左，因此以江左代指东晋。
东晋曾多次试图北伐，但由于内部不团结，除了最后篡晋的刘裕取得一定成果外，其余都无建树。祖逖本有希望恢复旧土，但他被司马睿挟制，郁郁而终。桓温的北伐则被慕容垂击败。太元八年（383年），前秦苻坚率兵南侵，东晋宰相谢安力主抗击，派谢石谢玄率军，在淝水之战大获全胜，苻坚只身逃回北方，南北分立之势从此而成。后有桓玄叛乱，废安帝，自立为天子，后为大将刘裕所平，拥恭帝，然大权落裕。
东晋名称
司马睿在建康建立政权形式的时间实际是在311年，当时西晋处于崩溃边缘，但没有明确灭亡。东晋建立的时间一般被视为司马睿称帝的时间，东晋政权维持了长期的偏安统治， 疆域大体上局限于淮河、长江流域以南。相应地，北方基本处于分裂状态，先后出现了16个 “能建邦命氏成为战国者 ” 的国，故将该时期泛称为 十六国或者 五胡十六国，而与东晋合称即所谓 东晋十六国。
衣冠南渡
晋元帝司马睿原属于东海王越一党，镇下邳。当时江东少受中原战乱影响且财富充裕，但由于吴人不得志于晋室，甚至有意光复吴国。吴姓世族以义兴周氏及吴兴沈氏并为江东二豪，吴郡朱、张、顾、陆四氏居次。
太安二年（303年）、永兴二年（305年）及永嘉四年（310年）间江南发生三次叛乱，皆由义兴周氏的周玘所平定，使江南得以稳定，史称三定江南。
永嘉元年（307年）八王之乱后，司马睿听从王导建议迁镇到建康。南迁后王导以“镇之以静，群情自安” 政策稳定政权，他藉由当地名士顾荣、贺偱为引，进而获得吴姓世族的拥护。而后大量北方世族及皇族衣冠南渡，在王导号召下共同支持司马睿，使得江南诸州次第归附，东晋得以偏安。
建兴五年（317年）西晋灭亡后，司马睿在建康重建晋廷，为晋元帝，史称东晋。但晋廷稳定后大量引用侨姓世族（原北方世族），压抑吴姓世族。使周玘等吴姓世族不满，有意叛变，但事洩未果，周玘忧郁而死。其子周勰继之，意图叛变，其叔周札洩密而未果。而后晋室分化周沈二氏，使其先后崩溃，并将亲晋的朱张顾陆四氏递升。然而，由于侨姓世族持续侵犯江南经济并打压南方世族入仕朝廷，使得侨吴世族在政治及经济上的冲突仍在。加上世族对寒族歧视、与朝廷分庭抗礼；中央与方镇对立及野心家的崛起，使得东晋一朝始终动荡不安。
因为北方外患威胁仍在，东晋朝廷赖世族及方镇的支持以稳定局势，这使得不少实力派世族意图叛变，夺取政权。当时晋元帝倚重王氏，任王导丞相、王敦专政军事，时称“王与马，共天下” 。王敦素来桀傲，有意控制朝廷，晋元帝为了抑制王氏权势，以刘隗、刁协、戴渊等人牵制，并防御京师。王敦万份怨恨，于322年发兵，攻陷建康。刁协等人被杀，史称王敦之乱。晋元帝备受恐惧，忧愤而死，太子绍继位，是为晋明帝。当时王敦欲篡位，移镇姑孰（今安徽当涂县），但于324年病危。晋明帝下令讨伐，平乱成功，由于王导未附逆，所以王氏仍受晋室重用。
太宁三年（325年）晋明帝去世，太子衍继立，是为晋成帝。由王导及外戚庾亮辅政。当时军事重镇分由陶侃镇守荆襄地区及由苏峻及祖约等镇守淮南地区。陶侃怀疑因为庾亮的干预，使得未能辅政而感到不满。庾亮为了提防陶侃，任温峤镇守武昌。由于苏峻及祖约对庾亮巩固中央的政策感到不满，于327年反叛。次年苏祖联军攻陷京师，胁持晋成帝，庾亮逃至寻阳（今江西九江市），史称苏峻之乱。此时陶侃观望，经温峤力劝之下决定讨伐苏峻。苏峻迎战阵亡，329年陶温联军收复京师，平乱成功。事后庾亮请罪，外调镇芜湖，朝廷由王导执政。
咸和九年（334年）陶侃去世，庾亮代之，仍遥控朝廷，与王导交恶。
咸康五年（339年）后王导与庾亮先后去世，由庾翼执政，掌握荆州军权。
永和二年（346年），东晋安西将军桓温伐蜀，次年3月克成都，控制汉水上游和四川盆地的成汉政权灭亡。至此，东晋统一了南方，与后赵隔秦岭淮河对峙。
东晋本身并没有强大的实力，主要是凭着长江天险，偏安江南；及依靠丞相王导号召南迁避难的中原士族。王导选取北方名士百余人做属官，并联合南方大族，取得他们的支持。不过，南北大族之间时常发生冲突，内乱频生，导致东晋政权并不稳定。
偏安南方
自晋怀帝从祖弟琅琊王司马睿迁镇建康后起，王氏—司马睿政治集团开始对中原播乱的京都洛阳及长安流亡政权作壁上观，表现出极度消极的小富即安的心理。曾参与、目睹八王之乱权利分配的王马集团，多少延续着各王角逐权利的争斗，实际上深受原东海王势力影响的司马睿也不可能会祛除司马氏唯权是图、不顾手足的阴暗心理，以此主观上了决定琅琊王勤王中原、关中的虚伪性。司马氏、王氏尚未立威信原东吴士族，客观上决定该集团也不可能尽心尽力地发兵中原与匈奴汉军交战，何况有冒险之虞，所以表现为偷安于江东。
南方地势险要，有长江天险，易守难攻，十分易于防守，有战略的优势。自淝水之战胜利后，南北的局势稳定，南北疆界大致以长江为分界线。南方水陆交通十分便利，商贸频繁，商品经济发达，有利于增加国库的收入。
由于少数民族的入主中原，使他们更多的接触到华夏文化，与汉民族逐渐发展为同一生活习惯的民族，进而被汉族融合。自魏、晋、南北朝之后，中原北方大体已形成以汉族为主，其他少数民族混居的人口构成形式，使中国正式成为具有相似生活习惯的多民族国家。
西晋灭吴国后，南方士族被排斥，仕进很困难。陆机荐贺循表里云：至于荆、扬二州，户各数十万，今扬州无郎，而荆州江南乃无一人为京城职者。南方士族对中原士族的独霸仕途，当然不能满意。王导想在吴国旧境内建立以中原士族为骨干的东晋朝，联络南方士族便成为极其重要的事务。晋元帝初到建康，南方士族都不理他，过了大半年还没有人来求见。王导很担心，和从兄王敦商议，替晋元帝制造威望。一个节日，王导请晋元帝坐肩舆出巡，王敦王导和北方名士都骑马随从，显出晋元帝的尊严。南方士族顾荣等在门隙窥看，大惊，相率到路旁拜见。王导对晋元帝说，顾荣贺循是南方士族的首领，招这两人来任职，其余士人自然都来了。晋元帝使王导亲自去招顾、贺，二人应命来见晋元帝。从此，南方士族归附，成为东晋政权的一个构成部分。
士族间必须说洛阳话，通婚姻必须严格衡量门第的高低。王导为联络南方士族，常常说吴语。北方士族骄傲自大，说王导没有什么特长，只会说些吴语罢了。王导曾向南方士族陆玩请婚。陆玩辞谢说，小山上长不了大树，香草臭草不能放在一起，我不能开乱伦的例。北方士族轻视吴语，实际就是轻视南方士族，南方士族拒绝和北方士族通婚，表面上是谦逊，实际也是轻视北方士族。陆玩曾在王导家食酪得病，写信给王导说，我虽是吴人，却几乎做了伧（音仓cāng南人轻视北人的称呼）鬼。这都说明南北士族的界限很分明，北方士族的政治地位比南方士族高，南方士族并不心服。义兴郡强族周，因被北士轻侮，准备起兵杀诸执政，以南士代北士。阴谋败露后，忧愤发病，死时嘱咐儿子周勰说，我是被那伙伧子气死的，你能报仇，才是我的儿子。周勰集合一些怨恨北士的豪强，谋起兵攻王导、刁协等。事败后，王导因周氏强盛，不敢追究。在晋元帝即帝位以前，王导的政治措施，主要是在争取南北士族间相对的平衡，由于王导的忍让，基本上是成功了。
王导在政治上取得这些成功，关键在于给士族安排了经济上的利益。南方各级士族自然就是各级地主，其中强宗大族，如吴郡顾氏、陆氏，义兴郡周氏，都是拥有部曲的大地主，不允许北方士族侵犯他们的利益。王导定侨寄法，在南方士族势力较弱的地区，设立侨州、侨郡、侨县，安置北方逃来的士族和民众。侨州多至司、豫、兖、徐、青、并等六州，侨郡侨县为数更是繁多。这种侨州郡县大都在丹阳、晋陵、广陵等郡境内，形势上可以保卫建康，同时流亡士族保持原来的籍贯，凭借势力在寄居地依然奴役从北方流亡来的民众，逼迫他们当奴隶或佃客，为自己创立新产业。侨州郡县有大量的各级文武官职，当然又是流亡士族的出路。所以，侨寄法虽然是紊乱行政系统、加深人民穷困的恶劣制度，但对东晋政权说来，却是安置流亡士族，缓和南北士族间矛盾的重要措施。
王敦作乱
晋元帝只想做个偏安的皇帝，王导也只想建立一个王氏当权的小朝廷，他们的目光专注在江东内部的权利分配上，从来不作北伐的准备，而且还反对有人主张北伐。晋元帝将要称帝，周嵩上书劝他整军讲武，收复失地，那时候称皇帝不算迟。周嵩说忠直话，几乎被杀死。熊远要求朝廷改正过失，说不能遣军北伐是一失，朝官们忘记国耻，以游戏酒食为正务是二失。熊远说忠直话，掉了京官出去做地方官。谁主张北伐，谁就被排斥，至于实行北伐的祖逖，当然要遭到冷酷的对待。祖逖是当时最识大体最有才能的杰出人物。中原大乱，祖逖率亲友数百家来投晋元帝，要求率兵北伐。
313年，晋元帝给他豫州刺史名义，又给一千人的食粮和三千匹布，叫他自己去募兵、造兵器。祖逖率部曲百余家渡江北上，在淮阴铸造兵器，募兵得二千余人。祖逖军纪律严明，得广大民众的爱护，屡次击败石勒军，收复黄河以南全部土地。晋元帝给祖逖镇西将军的称号。321年，祖逖准备渡黄河击石勒，收复河北。晋元帝却派仅有虚名的戴渊做征西将军，都督司、兖、豫、并、雍、冀六州诸军事、司州刺史。真正出征的祖逖官职是镇守；根本不出征的戴渊官职是出征，而且祖逖已收复的和未收复的州，都归戴渊统辖，这显然是不信任祖逖的表示。当时王敦和晋元帝对抗，东晋内乱势必爆发，祖逖感到前途无望，忧愤成病，就在这一年死去了。晋元帝深怕臣下在北伐中立功，建立起崇高的威望，对自己的帝位不利，却不想想专和臣下在内部计较权利，自己原来就很有限的一些威望将愈益缩小，对帝位的保持更加不利。格言说得好，“人无远虑，必有近忧”，晋元帝正是这样的一个庸人。
晋元帝登帝位后，不满意王氏的骄横，想削弱王氏势力。他引用善于奉迎的刘隗、酗酒放肆的刁协作心腹，暗中作军事布置。王导被疏远，仍能保持常态，士族一般都同情他，刘隗、刁协反陷于孤立。王敦本来是个野心家，乘机以反对刘隗、刁协，替王导诉冤为借口，阴谋篡夺。祖逖死后，王敦更无忌惮。322年，王敦在武昌起兵反晋，刘隗等人战败，王敦攻入建康。王导和朝官们消极抵抗，王敦无法实现他的篡夺野心，只好退回武昌。323年，晋元帝忧愤病死，晋明帝继位，王导辅政。王敦老迈已无野心，然部署皆以为有机可乘，加紧谋夺帝位。324年，晋明帝乘王敦病重，发兵谋讨王敦，王敦部署战败，王敦不服，带病领兵来攻建康，被晋军击败。王敦病死，谋夺帝位的战争告一结束。
东晋统治集团内部最主要的矛盾是帝室和几个强大士族之间的矛盾。帝室如果安分享受尊荣，不干涉强大族的权利，那么，各种势力相对平衡，政治上呈现正常的局面。反之，帝室企图增强自己的权力，因而引起强大族的不满，野心家便乘机而起，要篡夺司马氏的帝位。归根还是那些强大族保护帝室，推翻野心家，使势力又趋于平衡。晋元帝信任刘隗、刁协，并且用南方士族戴渊作将军，这是和王氏势力不相容的。王导认为佞臣扰乱朝纲，同意王敦来杀逐这些人。这些人被杀逐以后，帝室势力退缩回去，王敦还想篡夺，王导便宣称“宁为忠臣而死，不为无赖而生” ，表示坚决的反对态度来维持帝室。 东晋朝在399年孙卢之乱以前，重大政治事件的演变，本质上无非是这个主要矛盾在反复表现。
门阀政治
晋元帝晋明帝在位共九年（317年—325年），在上述情况下，东晋朝算是确立起来了。自晋成帝至晋安帝隆安三年民变，共七十四年（326年—399年），情况同开始的九年区别不大，东晋朝也就像开始的九年那样安而复危，危而复安地持续着。
王导保持安的方法是“镇之以静，群情自安” 。就是让有势力的大族在相互牵制下，以民众为牺牲，各自满足他们的要求，朝廷不加干涉也不加抑扬。他晚年常说，人家说我糊涂，将来会有人想念我这糊涂。的确，东晋是靠糊涂来求安静的。晋成帝时，外戚庾亮当权。庾亮想振作帝室，排斥王导，疑忌上游重镇荆州刺史陶侃，任意杀逐大臣，引起各势力间的不安。327年，野心家历阳（安徽和县）镇将苏峻、寿春（后改称寿阳，安徽寿县）镇将祖约以杀庾亮为名，率叛军攻入建康。幸得陶侃、温峤起兵救援，329年，击破苏峻祖约军。王导又执政，东晋朝又算危而复安。庾氏势力不得专擅朝政，转移到上游，宣称以北伐中原为己任，企图建立起自己的根基。庾亮庾翼兄弟相继镇守武昌，占有了东晋朝重要领土的一半。345年，庾翼临死，让他的儿子继任，开藩镇世袭的恶例。东晋朝廷不允许他的要求，是合理的，但用桓温去驱逐庾氏势力，东晋朝又出现篡夺事件。
桓温是当时最有才干的野心家。他做了荆州刺史以后，积极对外发展。347年，桓温灭成汉国，收复蜀地，威名大振。东晋朝廷疑惧，引用虚名甚大的清谈家殷浩参与朝政，专和桓温作对。桓温伐前秦伐前燕，都遭致失败，损害了他的实力和威望，在王谢两大族抵制下，桓温篡夺的野心未能实现。373年，桓温死，东晋朝又算危而复安。
桓温死后，谢安执朝政。桓温弟桓冲做荆州刺史，与谢安同心保护帝室。东晋朝内部出现前所未有的和睦气象，是和谢安完全继承王导力求大族间势力平衡的做法分不开的。谢安的做法是“镇之以和静”。383年，晋兵大破苻坚的南侵军。谢安乘前秦崩溃，使谢玄等率诸将北伐。384年，收复徐、兖、青、司、豫、梁六州。385年，猛将刘牢之进入河北名都邺。东晋朝建立以来，这是最大的一次战胜扩地。取胜的重要原因之一就是内部和睦，有些力量可以对外。
谢安立了大功，内部和睦状态又开始破坏。当时的皇帝是整天酒醉昏迷的晋孝武帝。他重用同母弟会稽王司马道子。司马道子也是一个整天昏醉的酒徒，引用一批奸人作爪牙，合力排斥谢安。385年，谢安病死，朝政全归司马道子。司马道子委任儿子司马元显当政。帝室间晋孝武帝和司马道子兄弟争夺权力，司马道子司马元显父子争夺权力，同时帝室与大族间也展开权力的争夺。398年，京口镇将王恭联络藩镇殷仲堪、桓玄、庾楷等起兵反帝室。王恭被杀，藩镇推桓温的儿子江州刺史桓玄为盟主，形成大族推翻帝室的中心力量。
司马道子父子当权，贪污奢侈，政治败坏到无以复加的地步。早在司马道子当权的初期，儒生范宁就说当时边境上没有战事，国家仓库却空匮无物，民众服徭役，一年里几乎没有三天的休息，生下儿子不能抚养，鳏夫寡妇不敢嫁娶。好比在着了火的柴草上睡觉，国家危亡就在眼前了。司马道子父子一伙人当权十多年，受尽苦难的东晋民众再也不能忍受这种恶政。北朝颜之推作《观我生赋》，自注说，中原士族随晋元帝渡江的有百家，因此江东有《百谱》。晋孝武帝时，贾弼之广集百家谱记，朝廷派人帮助贾弼之撰定《十八州士族谱》，共一百帙，七百余卷。贾弼之、贾匪之、贾渊祖孙三代传谱学。贾氏《百家谱》抄本藏在官府中，有专人掌管，并且有专长谱学的人来辨别真伪，防止冒滥，如贾渊受伧人王泰宝的贿赂，冒入琅琊谱，经王晏揭发，贾希镜几乎被齐明帝杀死。这一百家人才是享受政治权利的士族，后来渡江的北方士族，被这百家人呼为伧，不得享受同等的权利。东晋政权主要是这一百家的政权，西晋士族的全部腐朽性，也主要由这百家移植到长江流域。
依靠大族支持和民众容忍而存在的东晋朝，在统治集团内部分裂和民众起义反抗的情况下，不得不归于崩溃。东晋是门阀政治发展的鼎盛时期，皇权衰落。司马睿称帝有赖于南方官僚士族的拥戴，东晋政权建立之初，先后平息了王敦和苏峻之乱，统治趋于稳定。宗室、外戚和门阀大族王、谢、庾、桓先后共同支配着王朝政局。
北伐中原
当东晋在江南建国的同时，中国的北方则陷入分裂混战，黄河流域成为匈奴、羯、鲜卑、氐、羌等五个主要少数民族和汉族争杀的战场，并分别建立了自己的国家，相互争霸，不断有国家成立和灭亡。
从永兴元年（304年）匈奴贵族刘渊建立汉国，建兴四年（316年）灭掉西晋，到北魏太延五年（439年）鲜卑拓跋部统一北方，这130多年里北方各民族相互争战，先后建立了前赵（匈奴）、后赵（羯）、前燕（鲜卑）、前凉（汉）、前秦（氐）、后秦（羌）、后燕（鲜卑）、西秦（鲜卑）、后凉（氐）、南凉（鲜卑）、西凉（汉）、北凉（卢水胡）、南燕（鲜卑）、北燕（汉）、夏（匈奴）等十五个政权，连同西南巴氐族建立的成汉，共十六国，和东晋汉族政权长期对峙，史称五胡十六国。
除十六国之外，还有汉人冉闵建立的魏、丁灵翟氏建立的魏、武都氐帅杨氏建立的仇池国、鲜卑慕容氏建立的西燕、鲜卑拓跋氏建立的代五个政权，总计先后建立了21个政权。上述政权中，后赵、前燕、前秦都曾占据过北方的大部分疆域。
东晋虽然偏安于江南，但在历代帝王在位的时候都希望收复北方的国土。从北方南迁的人民时常怀念家乡，因此一些有志之士多次进行北伐。其中以王、谢、桓、庾四大家族为主的门阀对北伐采取了不同的态度，由于世族已安居江南，南方丰富的资产使得重返北方的意愿不高。 在东晋时曾进行过多次北伐，在其中也不乏名将的指挥。
东晋初期，朝廷采取以攻为守态度抵御北方。317年祖逖意图北伐，晋元帝只有给予少量军队，命他相机进取。他招募流民建立军队，并与当地坞堡合作，最后成功收复黄河以南领土，与石勒隔河相持。但由于东晋发生内乱，朝廷又担心他威望太高，于321年派戴渊为总督节制，以致收复河北的计划无疾而终，祖逖忧愤而死，失地得而复失。王敦因为祖逖去世而不必顾虑，之后遂叛变。祖逖军由其弟祖约率之，最后也随苏峻叛变。晋成帝时则由庾亮、庾翼兄弟主持北伐，他们以荆州为中心，意图发动北伐。但是因为朝廷抵制，所以没有实现。庾氏兄弟相继去世后，荆州刺史由桓温担任。他向往刘琨、陶侃事迹，以北伐为务。
346年晋穆帝时，桓温讨伐成汉（ 成汉于338年为李寿篡位，改国号为汉），次年讨灭。桓温声威大震，世族忌妒之，执政司马昱引殷浩抗衡之。
349年石虎死，晋廷派褚裒北伐，失败。桓温多次希望北伐，晋廷不许，改以殷浩负责北伐。
352年殷浩联合羌将姚襄北伐前秦，被苻健击败。次年殷浩再度北伐，为姚襄所袭。
354年晋廷只好将桓温换上，由他掌握北伐大权。桓温先后发动三次北伐，同年2月伐前秦，但由于苻健采坚壁清野战术并打败晋军，最后桓温缺粮而撤退。
356年，桓温讨伐河南姚襄，击溃之并收复洛阳，修谒皇陵。
358年他建议迁都洛阳，但遭到世族反对做罢。等到晋哀帝及晋废帝（即司马奕）相继为帝之后，桓温已经控制朝廷。当时北方呈现前秦前燕两强局势，洛阳为前燕占领。桓温为了准备篡位，于369年讨伐前燕。当时燕军大败，晋军进驻枋头（今浚县附近）与燕将慕容垂对峙。最后晋军缺粮而退，慕容垂率军追杀，晋军大败。
371年桓温废晋帝司马奕为东海王，改立司马昱为简文帝。隔年简文帝去世，晋孝武帝继位，373年桓温要求“九锡”，有代晋之意。大臣谢安、王坦之拖延该事，不久桓温病死，东晋得以保存。
370年前秦灭掉前燕后，前秦帝苻坚即有意灭东晋以统一天下。373年攻下东晋梁益二州。378年派苻丕围攻襄阳，朱序坚守，于隔年攻破，俘虏了朱序；又派彭超围攻彭城，却被谢玄率北府兵击败。382年吕光平定西域后，苻坚的目标指向东晋。隔年5月桓冲率10万军，意图夺回襄阳，苻坚派苻睿、慕容垂等人防御。8月苻坚认为时机已到，率举国之师南征东晋，兵分三路，声势浩大。他亲率步兵60万抵达项城，派苻融为先锋率27万兵攻打寿阳，梁成等人屯洛涧以控制淮河。晋廷震惊，谢安力持镇定，命谢石为前线大都督、谢玄为先锋，与谢琰、桓伊等人率8万北府兵北上救援。
383年10月秦军前锋攻陷寿阳后，苻坚赶往指挥，并派朱序向谢石诸降劝降。但朱序尽洩秦军虚实，并建议速战速决。11月谢玄派刘牢之率五千精兵攻破洛涧，晋军西行，与秦军对峙淝水。12月谢玄向苻坚建议后退决战。诸秦将认为阻敌淝水畔比较安全，但苻坚认为半渡而击可主动对决。当秦军后移时，晋军渡水突击，朱序于后军大喊秦军已败。此时秦军大乱，谢玄等人乘胜追击，秦军全面崩溃，苻融战死，苻坚中箭，孤身北返，后由慕容垂护送。此役晋军全面胜利，于东晋历史上意义非凡，史称淝水之战。
战后，谢安都督诸州军事，准备北伐支离破碎的前秦。384年谢安命谢玄、桓石虔率军北伐，谢玄等人自广陵北上，攻克鄄城、广固等地，并修建青州派（水利工程）以运送粮草。此役收复山东、河南一带，将领土划至黄河以南。荆州军也成功收复四川、襄阳一带。谢玄继续北上，前锋刘牢之一度打到邺城。但专政朝廷的司马道子忌讳谢氏功高，朝议“以徵役既久，宜置戍而还”，令谢玄回镇淮阴，最后北伐功败垂成。
孙卢之乱
东晋朝的崩溃，桓玄为盟主的诸藩镇，占据建康以西的州郡，朝廷政令只能施行在东方的会稽、临海、永嘉、东阳、新安、吴县、吴兴、义兴八郡，一切残酷的剥削自然也集中在八郡民众的身上。司马元显为防御王恭等人的进攻，调东方诸郡“免奴为客”人集合建康充当兵役，号称“乐属”。这又引起地主和佃客的怨恨。
五斗米道徒士族孙恩乘民心骚动，399年，从海岛率徒党百余人攻破上虞县，又攻破会稽郡，部众骤增至数万人。其余七郡同时起事，攻杀晋官吏、响应孙恩，不到十天，孙恩有众数十万人。孙恩的徒党号称“长生人”，是一群奉五斗米道的亡命无赖。孙恩和这群人专事屠杀掳掠，破坏不遗余力。会稽是王羲之谢安等北方士族聚居的名郡，吴郡、吴兴是南方士族的中心居地，这三郡号称三吴，是东晋朝经济文化发达的地区。当然，士族所在地的民众，受士族的压迫是说不尽的，对士族的仇恨自然也是难以抑制的，愚蠢而疯狂的野心家孙恩等人利用民众的积怒，纵徒党杀人，甚至婴儿也不能免死。
晋将谢琰刘牢之率兵来攻，孙恩徒党在诸郡烧仓库，毁房屋，塞水井，砍林木，掳掠妇女财物，都逃到会稽郡来。谢琰收复义兴吴兴两郡，刘牢之收复吴郡，进军到浙江边。孙恩起初听说诸郡响应，对徒党们说，天下没事了，我带你们到建康享福去。后来听说刘牢之到了浙江边，对徒众们说，我割据浙江东部，还可以做个越王勾践。等到刘牢之军渡过浙江，孙恩对徒众们说，我是不以逃走为羞耻的。孙恩掳男女二十余万人逃往海岛。此后孙恩连年从海路入寇。401年，孙恩率舟师十余万人自海路突袭京口，逼近建康，司马道子惊骇，不知所措，赖刘牢之部将刘裕奋勇进击，大破孙恩军。刘牢之等援军赶到建康，孙恩屡次战败，又逃入海岛。402年，孙恩入寇临海郡，被晋兵击败。孙恩穷困投海自杀，徒党和妓妾说他成了水仙，跟着投水的多至百余人。被孙恩掳去的二十余万人，三四年间，不是战死溺死，便是被贩卖作奴隶，到孙恩死时只剩下数千人。孙恩连年从海岛入寇，前后数十战，又杀死民众数万人。
京口是从北方各地流亡来的士族和民众聚居的地方，号称北府，与历阳同为扬州重镇。居民风俗强悍，敢于从军。谢安辅政，举谢玄为将。谢玄在京口募兵，得勇士刘牢之等人。刘牢之常领精锐当前锋，战无不胜，号称北府兵。淝水大战，苻坚军崩溃，晋军前锋五千人，就是刘牢之统率的北府兵。399年，刘牢之击孙恩，刘裕在刘牢之部下当小军官，勇悍善战，屡立大功。刘牢之部下诸将，抢掠财物，比盗贼更凶，独刘裕约束部属，纪律严明，大得民心。从此，刘裕成为北府兵的著名将领，击灭孙恩卢循，主要是刘裕的功绩。
孙恩死后，余众推卢循为首领，被刘裕追击，泛海逃走。404年，卢循攻陷广州，以后连年入寇，410年，率兵十余万逼近建康，被刘裕击败，卢循逃到交州。411年，交州刺史杜慧度击杀卢循。孙恩在败逃入海以前，多少还算是率领农民起义，卢循则完全是五斗米道作乱。
桓玄之乱
正当东晋朝全力攻击孙恩的时候，桓玄乘机吞并上游诸藩镇，占有东晋三分之二的土地。三吴破败，东晋朝失去了依靠，成为仅有空名的朝廷。桓玄认为灭晋称帝的机会到了，与孙恩军逼近建康同时，桓玄在江陵聚众，谋夺取建康。402年，司马元显发兵要进攻桓玄，桓玄军却顺流而下，攻入建康，杀司马道 子司马元显，政权全归桓玄。404年，桓玄废晋安帝，自立为皇帝，国号楚。
东晋朝是王、谢、庾、桓四大族势力平衡下的产物，王谢庾三族相继衰落，桓氏成为唯一的大族，骄奢淫昏毫无才能的桓玄便轻而易举地消灭了东晋朝。
孙恩乱后，东方诸郡大饥，一向腐朽的士族中人，这时候披着精制的罗衣，抱着心爱的金玉，关着大门整家整家地饿死。他们连掘些草根充饥的本领也没有，当然不会有人起来和桓玄争夺帝位。但是，桓玄也是腐朽已极的一人，他不可能维持既得的地位，当时存在着一个能够消灭桓族势力的人物刘裕。
刘裕崛起
404年，刘裕在京口约集失意士人密谋攻桓玄，被众推为盟主。刘裕击败桓玄，掌握东晋政权。
刘裕灭桓氏后，要取消司马氏皇帝的名号，还必须自己先取得更高的威望。因此，刘裕为灭晋而进行北伐。同时也为消灭国内割据势力而进行统一战争。晋朝政权。后来积累战功，打下帝业基础，和晋元帝依靠大族推戴的情形完全不同。
409年，刘裕攻南燕。410年，破南燕都城广固（山东益都县），灭南燕，收复青州。卢循乘刘裕北伐，率军向建康进攻，刘裕亲率精兵回建康，击败卢循。411年，收复广州。412年，攻破江陵城，杀割据者刘毅。413年，刘裕遣将军朱龄石收复成都，杀割据者谯纵。415年，刘裕遣将军王镇恶攻克襄阳，驱逐割据者司马休之。东晋境内在刘裕势力下全部统一了。416年，刘裕率将军王镇恶、檀道济、沈田子等分五路，水陆并进，攻后秦国，沿途收复滑台（滑县）、许昌、洛阳等重镇。417年，刘裕军攻破长安，灭后秦国。
刘裕出关回彭城，留守军内乱，418年，关中被赫连勃勃夺去。这次北伐，胜利是巨大的，关中虽失去，自潼关东至青州，却成为宋朝的疆土。后来宋魏间战争，多在这些土地上进行，使长江流域得到较为长期的安静。东晋初，设立侨郡县，凭空增添官职，用以安置流亡士族。413年，刘裕实行土断法，令北方流亡来的士民，就所居地作为土著，与南方土著同等待遇。许多侨郡县从此省去，有利于行政统一和节省开支。
走向灭亡
东晋朝重要地区用大族作镇将，因而形成割据的局面。刘裕改用皇子作镇将，特别是荆州江州两镇，所统兵甲占全国兵甲的半数，更非选皇子不可，从此建康朝廷不再受大族重镇的威胁。
刘裕所创的宋朝，皇帝独掌大权，主要辅佐，多选用寒门，原来的高门大族，只能做名大权小的官员，难得皇帝的信任。削弱士族的政治势力，实行皇帝专制的中央集权，宋朝国内的统一程度远非强藩割据的东晋朝所能比拟，政权大大增强了。当时鲜卑拓跋部统一黄河流域，出现强大的魏国，如果没有统一的汉族政权，鲜卑人几次大举南侵，很有可能并吞长江流域，摧残发展中的经济和文化。所以，刘裕消灭纪纲不立、豪强横行的东晋朝，建立起比较有力的宋朝，对汉族历史是一个大的贡献。
东晋皇帝列表
东晋皇帝列表
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年号 |
起讫时间 |
使用时间 |
备注 |
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晋元帝（在位：318年—322年） |
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建武 |
317年三月—318年三月 |
2年 |
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大兴 |
318年三月—321年 |
4年 |
或作太兴 |
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永昌 |
322年—323年二月 |
2年 |
闰十月晋明帝即位沿用 |
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晋明帝（在位：322年—325年） |
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太宁 |
323年三月—326年正月 |
4年 |
三年闰八月晋成帝即位沿用 |
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晋成帝（在位：325年—342年） |
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咸和 |
326年二月—334年 |
9年 |
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咸康 |
335年—342年 |
8年 |
八年六月晋康帝即位沿用 |
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晋康帝（在位：342年—344年） |
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建元 |
343年—344年 |
2年 |
二年九月晋穆帝即位沿用 |
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晋穆帝（在位：344年—361年） |
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永和 |
345年—356年 |
12年 |
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升平 |
357年—361年 |
5年 |
五年五月晋哀帝即位沿用。前凉沿用该年号 |
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晋哀帝（在位：361年—365年） |
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隆和 |
362年—363年二月 |
2年 |
或作崇和 |
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兴宁 |
363年二月—365年 |
3年 |
三年二月晋废帝即位沿用 |
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晋废帝（在位：365年—371年） |
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太和 |
366年—371年十一月 |
6年 |
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晋简文帝（在位：371年—372年） |
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咸安 |
371年十一月—372年 |
2年 |
二年七月晋孝武帝即位沿用 |
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晋孝武帝（在位：372年—396年） |
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宁康 |
373年—375年 |
3年 |
《魏书》错写作康宁 |
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太元 |
376年—396年 |
21年 |
二十一年九月晋安帝即位沿用 |
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晋安帝（在位：397年—418年） |
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隆安 |
397年—401年 |
5年 |
或作崇安 |
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元兴 |
402年—404年 |
3年 |
胡三省注《资治通鉴》：元年三月，元显败，复隆安年号。桓玄寻改曰大亨。玄篡，又改曰永始。 |
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大亨 |
402年三月—十二月 |
1年 |
同上 |
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义熙 |
405年—418年 |
14年 |
403年—404年桓玄篡位 |
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晋恭帝（在位：419年—420年） |
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元熙 |
419年—420年六月 |
2年 |
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