从1231年至1273年，元朝（蒙古）先后九次征伐高丽，最终高丽投降，成为元朝的征东行省。1231年蒙古军进攻高丽，国王和王室贵族迁都江华岛;1258年高丽崔氏政权垮台，国王投降蒙古;不服投降蒙古的三别抄发动抗蒙古战争，1273年蒙古占领济州岛，结束抗蒙古战争。
一、战前形势
1216年，一支原依附于蒙古人的契丹军队造反失败后，流窜进入高丽境内，占领高丽江东城，并以此为据点四处烧杀抢掠。1218年，蒙古大将哈真统帅大军追击契丹叛军进入高丽，高丽国王派遣将军赵冲领军协助，并向蒙古军提供粮草。
1219年，江东城守敌投降，哈真与赵冲举行盟誓，蒙古与高丽约为兄弟之国。蒙古从此年年遣使到高丽索要各种物品（从毛皮、绸缎到笔墨纸砚无一不要）。高丽国小民困，物产不多，敌视蒙古的情绪逐渐升温。
1225年，一蒙古使者在出使高丽返回的途中被杀。杀死使者在蒙古人看来是不可饶恕的大罪，曾多次为此与别国开战。但由于蒙古大军西征，接着元太祖成吉思汗又在征讨西夏途中逝世，使蒙古帝国没有立即对高丽展开报复。
二、窝阔台汗四征高丽
元太宗窝阔台即位后，以高丽杀使者为由，于1231年八月命撒礼塔率蒙古大军讨伐高丽。蒙古军入据高丽后，洪福源率民1500余户前来迎降，附近州郡亦有来降者。撒礼塔在洪福源的协同下先后攻取40余座城，连战连捷的蒙军直逼高丽王城。高丽高宗遣其弟怀安公王乞降。蒙古军队索取了巨额财物后退军。但仍在高丽的各京、府、县留下了72名达鲁花赤（镇守者），对高丽进行间接控制。
1232年六月，高丽王举反，杀死蒙古所置达鲁花赤72人。为避免蒙古的报复，高丽权臣崔怡决定迁都江华岛。于是，窝阔台决定第二次讨伐高丽。八月，再命撒礼塔率师征高丽，至王京南，攻其处仁城时，中流矢亡。副帅铁哥领蒙古军回师。原降服的高丽百姓归由洪福源统治。十月，高丽王遣其将军金宝鼎、郎中赵瑞章向窝阔台上书请罪。
1233年四月，窝阔台诏谕高丽王悔过，并指出他犯下的五大罪状。高丽王因占据江华岛，而蒙古无水兵，故不从命朝觐。反而又派兵攻陷已归附于蒙古的西京等处，劫夺了降将洪福源的家。为此，窝阔台决定第三次派兵讨伐高丽。 1235年春，窝阔台命唐古再征高丽，至1237年先后占领龙冈、咸从等余城。高丽王请降，但不亲赴朝觐，只遣使入朝。蒙古则一再促其还都陆上，履约朝觐，然高丽王总是拖延不动。 因此，1240年蒙古又派兵攻克昌州、朔州等地。1241年高丽王以族子为己子入质，高丽又臣服于蒙古。
三、贵由汗至蒙哥汗四征高丽
1246年（元定宗贵由汗元年）高丽又停止岁贡时，蒙古军队从1247年至1258年（元宪 宗蒙哥汗八年）间，曾4次进攻高丽，迫使高丽王遣王子前来朝贡，并留蒙为质。
自从1232年高丽迁都江华岛后，被激怒的蒙古大军先后遣军7次征伐高丽，给高丽百姓造成了深重的灾难。不少地方因畏惧蒙古军威，纷纷举城归附蒙古。高丽有不少大臣也对与蒙古对抗到底的政策提出了质疑。同时，蒙古也在筹划另立高丽入质蒙古的质子为新君，而这一旦成为既成事实，高丽朝廷便面临边缘化的危险。
1258年，高丽众大臣发动政变，杀死了主张弃陆保岛的权臣崔氏，出陆向蒙古投降。1259年，蒙古与高丽达成和解协议，蒙军撤出高丽，高丽朝廷迁出江华岛移居陆地，并派王子入朝蒙古，两国战争状态结束。
四、忽必烈消灭高丽抵抗势力
元世祖忽必烈中统元年（1260年）春，高丽国王逝世，忽必烈派兵护送高丽王子归国即位，是为高丽元宗，同时宣布在高丽境内实行大赦，送还高丽俘虏及逃入辽东的民户，禁止蒙古边将侵扰高丽，以抚民心。元宗即位后一直采取亲元立场，引起大臣的不满。
忽必烈视高丽为元朝的属国和进攻日本的跳板。至元五年（1268年）夏，忽必烈责令高丽新国王在高丽制造可载4千石的海船1千艘，以备元军攻打日本或南宋之需。元朝对高丽的控制和榨取，使高丽朝野极为不满。至元六年（1269年）八月（阴历，下同），林衍废其王。同年十月，忽必烈派头辇哥率大兵压境;封在京朝觐之高丽王世子为特进、上柱国，并派兵护送他回国平乱;同时派兵部侍郎里德（史书写为里德）一行出使高丽，限期高丽林衍等来京陈情，听候决断。在元朝三慑之下，高丽都统领崔坦、李延龄等以西京（今平壤）50余城归降。高丽元宗复其位，并亲自朝见忽必烈。 至元七年（1270年）正月，忽必烈将高丽西京改为为东宁府（后升东宁路），划归元朝辽阳行省。同时派头辇哥率领军队护送高丽国王父子回国，委任脱脱朵儿、焦天翼为高丽达鲁花赤（督官）。同年春，元军兵临王京（今开城）城下。此时，林衍已死，其党三别抄军首领裴仲孙等拥立王室庶族承化侯王温，退守珍岛（今南金罗道）坚持抗元。
至元八年（1271年）五月，元将领忻都率兵攻占珍岛，王温等被杀。金通精退往耽罗（今济州岛）。至元十年（1273年）四月，忻都攻占耽罗，捉拿了金通精等人。元朝遂设耽罗国诏讨司，屯兵驻守。
蒙古于高丽置征东行省，全称征东等处行中书省，由元朝直接统治。在王京（今朝鲜开城）设达鲁花赤管理征东事务及监管高丽国政;保留高丽原有政府体系，从其国俗、自奏选属官，丞相由高丽国王兼任。此外，迁于辽阳行省沈州的高丽军民总管府主要负责高丽侨民事务;设于黑龙江下游奴儿干的征东诏讨司负责骨嵬、吉里迷等族事务;设于耽罗岛上的耽罗军民总管府负责防倭和高丽海外侨民事务。元朝直接统治的高丽军民总管府征东诏讨司耽罗军民总管府设有参知政事管理。
至元十一年（1274年）五月，忽必烈将女儿忽都鲁洁丽米斯嫁给高丽王子，六月，高丽老王逝世，王子继位。翌年，应忽必烈要求，高丽新国王改变了所有与元朝相类似的省、院、台、部等官职名称，派遣20名贵族子弟前来入侍元朝。
至元十七年（1280年）夏，元朝在高丽创设驿站，加封高丽王储为开府仪同三司和行省左丞相。第二年，元朝在高丽征发军士、水手25，000人，战船900艘，参加侵日战争。高丽民众不堪其扰。至元十九年（1282年），日本侵扰高丽沿海，在高丽国王请求下，元军驻防金州。第二年，元朝正式在高丽设置征东行中书省，以高丽王与元军将领阿塔海共领行省事。至元二十一年（1284年），忽必烈将耽罗划归高丽。
大德三年（1299年），元成宗铁穆耳大帝命阔里吉思为高丽征东行省平章事，因阔里吉思对高丽内政横加干预，引起高丽人民的极大愤慨。1301年，成宗被迫撤销行省建置。然而，直至元末，高丽的内政与外交均受到元朝的控制。
1280年元朝为了进攻日本在朝鲜半岛设置征东行省，在高丽首都派遣达鲁花赤控制高丽国政，高丽国王只能住在江华岛上。1281年随着进攻日本失败曾一度解散征东行省，1287年复设征东行省，并以高丽王兼任征东行省达鲁花赤，成为元朝的藩属国，直到1356年恭愍王回复时高丽朝廷才重新掌握统治权。
自从高丽元宗的世子忠烈王娶忽必烈的女儿为妻后，以后的高丽君主直到高丽恭愍王都是娶蒙古公主为妻。高丽君主继承人按照约定，必须在元大都以蒙古人的方式长大成人后，方可回高丽。高丽彻底归顺。
