玄烨大婚标志少年皇帝正在步入青年，其亲理政事已为期不远。换言之，孝庄是以此为孙儿早日亲政制造舆论，打下基础。
当鳌拜得知玄烨选后的结果时，因希冀落空，心怀妒忌，气恼万分，竟与遏必隆一起入宫奏阻。这恰恰证明孝庄此步棋的巧妙:既分化了四辅臣，使索尼同鳌拜之间出现芥蒂，又促使索尼更为效忠皇室，增加了皇室的力量。不过，从其后情况看，孝庄这时对鳌拜还未完全失去信任，仍希望他在辅臣任内能够善始善终。
康熙五年（1666年），发生圈换土地事件。鳌拜在索尼、遏必隆支持下，将清朝入关初期圈占土地时分配给镶黄旗与正白旗的土地，强行互换，并再次圈占大量土地，致使广大农民流离失所，加剧了满汉民族矛盾。三辅臣还不顾玄烨的反对，矫诏将反对此举的大学士管户部事务苏纳海（正白旗）等三名大臣处死，造成一大冤案。这一事件说明，鳌拜并未领会孝庄的包容苦心，在擅权乱政路上愈走愈远。因此，孝庄也相应采取了进一步措施。
康熙六年（1667年）七月初七日，玄烨躬亲大政，辅臣仍行佐理。孝庄特为孙儿收权安排一过渡阶段，以使他在实践中逐步提高;同时也让辅臣有个适应过程，将他们因交权而产生的失落感，减少到最低程度，从而保证此次权力交接稳妥进行。
可是，树欲静而风不止。康熙六年六月索尼去世后，鳌拜成为首席辅臣，遏必隆对他亦步亦趋，苏克萨哈更加孤立。玄烨亲政伊始，苏克萨哈请求往守先帝陵寝，以期迫使鳌拜、遏必隆也辞去辅政。鳌拜为清除异已，独掌辅政大权，竟罗织苏克萨哈的罪状，企图将他置于死地。尽管玄烨坚决反对，但鳌拜等不肯罢休，一连七日强奏，竟将苏克萨哈及子孙全部处死，并籍没家产。
苏克萨哈被清除后，鳌拜的权势进一步扩大。他飞扬跋扈，欺君擅权，文武各官尽出门下，甚至在御前呵叱部院大臣，拦截章奏。玄烨去海子（南苑）狩猎时，让随行的鳌拜奏闻祖母，鳌拜乃不遵旨，反云皇上自奏，全然不把玄烨放在眼中。他的种种行径，已构成对皇权的严重威胁。至此，孝庄终于作出决断，支持并指点孙儿拟定清除鳌拜集团的全盘部署。
此前，玄烨已开始广泛求言，制造舆论，通过各种举措，纠正辅臣的种种失误与施政弊端，这使朝中人心振奋，玄烨威望日增，鳌拜逐渐孤立。与之同时，玄烨在身边聚集起一批年轻的满族贵族成员，索额图即是其中的突出代表。索额图为索尼之子，孝庄选中他的侄女赫舍里氏做皇后，加深了索尼家族与清皇室的关系，也加强了正黄旗对皇室的向心力，并影响到镶黄旗。索额图对玄烨十分忠诚，在清除鳌拜集团的过程中，成为玄烨得力的助手。
鳌拜集团附者甚众，盘根错节，已控制中央机构各要害部门。为最大限度地减少动荡，孝庄帮助玄烨制定了擒贼先擒王，迅速打击主要党羽，震慑其他成员，稳妥解决问题的基本策略。据此，玄烨命索额图秘密组织起一支善于扑击的少年卫队，又于行动前，有意将鳌拜的部分党羽遣往外地，以分散其力量。可以肯定，玄烨还采取了其它一些周密部署。
康熙八年（1669年）五月十六日，鳌拜奉召进宫，旋即被卫队擒拿，其主要党羽也先后被逮捕归案。考虑到鳌拜以往的功绩，玄烨对他予以宽大处理，免死，籍没家产，终身监禁;对其众多追随者，也只处死最主要的几人，其余一律宽免;就连遏必隆也被免罪，仅革去太师，后又给还公爵，值宿内廷，恢复对他的信任，从而团结了镶黄旗。
清除鳌拜集团，排除了威胁皇权的潜在危险，踢开清朝向前发展的绊脚石后，玄烨真正掌握了清朝大权。他在首崇满洲的原则下，着力改善满汉关系，崇儒重道，发挥汉族官员积极性，发展生产，恢复经济。短短几年内，政局进一步稳定，得到汉族地主阶级更广泛的拥护，经济也有起色，为其后平定三藩之乱，打下重要基础。
