在后世的历史评论家眼里，明朝军事制度，还有一个被人诟病极多的问题――文官带兵。
关于这个毛病，最深入武侠迷的评语，便是金庸老先生在小说《碧血剑》里的那段话：明朝一向文官带兵，但偏巧运气好，去辽东带兵的熊廷弼等人，都有军事才能。
明朝文官带兵不假，但能带兵的文官却极多。而且，这绝不是运气好这么简单。
1，文官为什么去带兵
这个问题，通常出现在明朝中后期。而这也和明朝的军事制度有关。
自从明朝建国后，但凡出兵打仗，施行的是“专征”制度，特别是在卫所制度稳固的中前期，都是由各卫所出兵，组成军队，然后再由德高望重的大将挂帅出征。这样做的弊病，自然就是兵不识将，将不识兵，除非将领本人极其厉害，否则军队的凝聚力和战斗力必然受损。
明朝开国早期，承担“专征”职责的，多那些功勋卓著的功臣，比如徐达，李文忠，蓝玉等人，这些人有实力有威望，三军自然服气，打起仗来更是捷报频传。但这套制度的漏洞，到了朱元璋死后不久的“靖难之役”里就暴露无遗，当燕王朱棣扯旗叛乱后，拥有全国军事力量的建文帝朱允桑三次调动百万大军北上，围歼只有十数万人马的朱棣，他同样采取的是专征制度，但选择的人选，却是毫无军事经验的李景隆，结果明军大败亏输，近百万人被只有十多万人的朱棣打的全军覆没，最后连皇位都被朱棣夺了去。
朱棣登基后改年号为永乐，作为一个马上皇帝，他登基后第一次对北方蒙古的征伐，就给了他当头一棒，当时他给予国公邱福专征大权，命他统兵十万征讨鞑靼，结果邱福轻敌冒进，反而全军覆没。后来的五次北征，吃了亏的永乐皇帝不敢再委以他人，全是自己亲力亲为。
五次北征草原的壮举，成就了他“马上皇帝”的赫赫荣光，却也给他的儿孙“挖了坑”。他的重孙子明英宗也学他的模样亲自“专征”，结果没征赢不说，自己反而被敌人瓦剌给“蒸”了――土木堡五十万大军全军覆没，专征的明英宗本人也当了俘虏。
（土木堡之变）
从上面的例子可以看出，“专征”这种模式，对于明朝来说是把双刃剑，本身专征军队的组建，就是以从各处调兵的方式完成，军队的团队凝聚力肯定会受影响，这就需要承担命令的将领拥有卓越的素质，可一旦给予将领的事权过大，就会造成专权，让中央政府难以控制。所以既要放权，也要节制权力，就成了这个模式最需要做的事情，终整个明朝，历代皇帝在军事指挥权方面动脑筋最多的，也是这个事情。早期朱棣的方式，就是既然信不过别人，那就皇上自己来，但有了土木堡之败的教训后，自己来显然是不可能了，要解决问题，还是需要从制度上想办法。
在土木堡之变前后，明王朝在这个问题上想了很多办法，但从整个明朝中前期来看，除了皇帝御驾亲征的那几次外，通常承担“专征”任务的，除了文官王骥（明朝朱元璋后第一个因战功封爵的文官）等少数人外，多是具有公侯爵位身份的武将们。可是，如果我们看看明朝中后期的历史的话，却发现又不一样，担任专政统帅的，越来越多是文臣，到了最后，几乎最高军事主官，都是清一色的文臣。以强悍武功开国的明王朝，怎么又回到宋朝“以文制武”的轨道了呢？
说这个转变，还是要从明朝军事制度的演变说起，明朝开国政治制度的特点就是分权，放在中央，就是统兵权和调兵权分开，放在地方上，就是地方兵权和行政权分开。这样的好处，是最大限度防范篡权奸臣出现，但坏处，就是权力分的越多，彼此也就越扯皮。
特别是地方上，由于事权不统一，事情办砸了，扯皮还没完。为了不扯皮，从明朝第三任皇帝明成祖开始，明王朝就着手统一事权，在省里设巡抚，管辖兵马，民事，司法大权，然后又设富有管辖多省权限的总督。这两个职务，主要就是统一兵权，而这两个职务，都是由中央文官兼职的临时性职务，巡抚是由中央副部级（侍郎）文官兼职，总督是由中央部级（尚书）级别官员兼职。也就是说，地方的军权，随着这两个职务的设置，开始由文官来执行。
于是原本忙于案牍劳顿的文官，开始走上战争的第一线。
文官掺和这事，第一个原因，就是明朝各类政治力量的此消彼长，朱元璋时代，武将集团的话语权极高，开国六公爵，五个都是武将（李善长除外），可随着明朝政治稳定，国家转入和平建设时期，武将的作用日益下降，地位也就随之下降。外加朱元璋时代几次大规模整肃风暴，随着蓝玉之流的落马倒霉，武将们也殃及池鱼。
更重要的因素是，文官随着科举制度的发展，力量迅速壮大。而从明朝中期开始，武将的选拔，也有了以武举为代表的科举途径，而武科举不止考武艺，真正决定中榜的是策论环节，也就是要考上，必须也要熟悉兵法战策，考评权主要由兵部文官来执行，这样一来，武科举出身的武将选拔权，其实也渐在文官手里，能考取功名的武将，好多便成了文官的门生。
此外，明朝兵部的权限也逐渐扩大，明初的兵部，和五军都督府之间是相互牵制的，但随着卫所制度的破坏，五军都督府的权限也越来越虚，兵部的权力却越来越实在。最直接的一条，原先军队的供给靠卫所，后来越来越多靠财政拨款，基本都是兵部拿捏。
而且跟科举造就的文官集团新陈代谢比，明朝那些显赫的武将家族，却大多一代不如一代。也就是说，明朝建立后，文官的力量一直是壮大的，传统公爵武将的力量，却是一直弱化的，到了明朝中期以后，随着卫所制度的破坏，明朝逐渐开始用大规模的募兵制度来取代卫所制，由于募兵的统辖带兵，主要由武将来负责，为了制衡武将，势必也要提升文官的权力，用文官来制约武将。于是以文制武的体制，就这样形成了。
而最重要的一个原因，却还是帝王本人的抉择，对于帝王来说，文官固然讨厌，但是文官集团悠久的传统和其自身特点，决定了受儒家思想出身的文官，最多只是皇权的制衡者而不是挑战者，但武将则不然，骄兵悍将在历代都是皇权大忌，从国家稳定和皇权安全性来说，文官是执行兵权的最好选择。明朝的军事制度，在绕了一个大弯后，最终还是走上了以文制武的轨道。与其说是明朝的弊病，不如说是历史发展的必然。
2，三位立体管理模式
然而即使对于文官本人带兵，明朝也并非完全放心，相反是有一套监督体制的。要让文官带好兵，先给武将分好权，给武将们的一颗“甜枣”，就是“总兵”这个职务。
明朝中后期以后，大多数纯粹的职业武将在军事生涯里所能做到的最高官职，就是总兵。（五军都督府大都督，在明朝中后期成了虚职），明朝最早的总兵，设于洪武二年（1369年），但在当时，这只是一个临时性官职，并没有品级，主要是给予担负“专征”任务的元帅的。它真正开始以正式官职的名义确立下来，是在明朝永乐年间，明成祖命何福佩将军印，充总兵官，从此，总兵一职，才以地方最高镇守长官的名义确立下来。
总兵的特点是常驻地方，并且拥有地方军队的管辖权节制权，这样做的好处在于事权统一，可以提高边军的战斗力。但为了防止总兵权力过大，明朝在任命总兵的时候，又在总兵之上设立巡抚，用以节制总兵权力。而且随着宦官集团力量的上涨，明朝在各地又开始设立镇守太监，由宦官监军，将文官武将都监视。这样，明朝的地方兵权，就形成了宦官――文官――武将相互制约的模式，如果有重大军事行动的话，在三者之上，明朝才委派由更高级别文官出任的总督经略，用以统一事权。所以说明朝的军制，宦官当家或者武将当家，甚至文官当家都不恰当，这是一个三位一体的模式。
