方从哲是明朝末年宰相，接替叶向高，执掌内阁。因为在为相期间，内阁空虚，只他一人独大，所以被称为“独相”。
万历十一年高中进士，初为国子监司业、祭酒。为官不久，因为拒绝司礼监秉笔太监田义让自己的侄子走后门当官的请求，而被田义记恨。田义曾经公开对方从哲说：“若不爱官耶！”大意其实就是既然方从哲不想当官，那就不要当了。这儿就是田义要早机会，把方从哲给干掉了。
方从哲本人性格稍微有点懦弱，所以在田义说出这样的话之后，方从哲干脆自己请辞回家。在家闲居期间，与四方名士交流，渐渐显出声名。当时东林党重要成员，也是明朝末年著名的独相叶向高对他十分欣赏，于是就推荐方从哲入朝修玉牒、出任礼部左侍郎，被方从哲婉拒。
万历四十一年，正是三年会试之时。然而当时因为朝廷缺官严重，竟然一时间找不到合适的充作考官之人。这个时候叶向高又举荐但是闲居在家的方从哲出任礼部右侍郎，权副主考官。明神宗原本没这个想法，但是最后还是下旨让方从哲为吏部左侍郎，辅佐叶向高主持考试。
方从哲如期就任，但是后来又因为中旨与吏部会推结果不合，引发众人争议。不过明神宗似乎打定了主意，方从哲原本想告退的，但是神宗却坚决让方从哲出任，与是方从哲听令。
方从哲出山之时，内阁为叶向高一人独相。说白了，原本是几位阁臣并一位内阁首辅处理朝政的，但是当时内阁就只有叶向高一个人。他曾经七十五次上书，请求神宗增补阁臣，但是都未得到神宗的响应。等到方从哲出山之后，明神宗却一下子就下令增补了。
于是刚刚出任吏部左侍郎的方从哲，与礼部左侍郎吴道南，一同加礼部尚书、东阁大学士，此后入阁参预机务。在家闲居十五年，一出山就入阁为相，也算是少见的了。
命令下达之后，吴道南还未入京，所以内阁就由方从哲和叶向高二人独居。虽然方从哲闲居时间很久，但是因为在地方上有些声望，而且本人秉公直谏，同时处于中立面，不加入任何党派，不参与党争，还是受到挺多官员支持的。
入内阁的第二年，叶向高上书请辞。当时吴道南仍然没有入京，所以意味着叶向高离职之后，内阁由方从哲一人执掌。朝中许多官员，推荐东林党沈鲤入阁，方从哲也上疏请求让沈鲤入阁为首辅。这个建议，最后却没有得到明神宗的同意。
于是戏剧性的一幕就出现了，闲居十五年入内阁已经很少见了。这样为阁臣一年，就成为内阁首辅的更是少见。而且还是与叶向高一样的情况，在内阁为独相。
万历四十三年，吴道南终于到京赴任。然而不久又因为主持会试，发生舞弊案件，最终辞职而去。就这样，方从哲又一人独相，勉强维持内阁的运转。
明朝末年党争激烈，大家最熟悉的是东林党和阉党之间的争斗。但是在方从哲时期，党争是由东林党、浙党和齐党组成的。因为曾经辞官归乡，闲居家中十五年的时间，所以方从哲严格上来说是不属于任何党派的。但是因为在国子监为司业、祭酒期间，门生甚多，所以自然而然的聚集成一个政治团体。
方从哲虽然本人不参与党争，甚至在为相之时，还曾经在各党派争斗之时，参与调解。但是因为他本人身上已经显现利益集团的身影，所以并不受各党派认可。
方从哲为相期间，无所作为，“虽多上疏言事，实将顺帝意，无所匡正”，所以受到朝臣弹劾，后任中极殿大学士，离职归乡。于崇祯元年卒，朝廷追赠太傅，谥文端。
