汉献帝在手里是个名副其实的傀儡。因董卓拥立献帝而与其反目成仇，关中十八 路诸侯联合打起反抗董卓的旗号。董卓也懒得利用献帝，因为他没有扑灭群雄的野心，在这种情况下，献帝虽然处境艰难，却还没有沦落到被人当工具的程度。但因 董卓是个不守礼法的人，献帝也十分担心他哪一天会不高兴便杀掉自己，在董卓的淫威下，献帝噤若寒蝉。这时，各地豪强地主以袁绍为盟主，围攻洛阳讨伐董卓， 废帝刘辩已为董卓所杀，对于献帝来说诸侯们推翻董卓是件好事。献帝无时无刻不在想办法挣脱董卓的魔掌，并希望借助诸侯军阀的势力将其消灭。
司徒王允指使刺杀董卓后，本来是献帝登上政治舞台的一次极好机会，而朝政大权又由王、吕两个人把持着，唯一不同的是，献帝可以过几天安稳日子了。王 允虽然是位忠义正直的臣子，但他在董卓亡后，对余部的处理缺乏合理的判断。他没有及时分化董卓的残部，瓦解官军从而稳定民心，却不断扩大打击面，株连很 广。老百姓纷纷传言王允准备杀尽凉州（即董卓部下）人，形势一下子在王允的重压之下发生了极大变化。
凉州人李、郭汜等都是董卓的部 将，董卓死后，他们派人到朝廷请求给予赦免，但缺乏政治眼光的王允未能同意。在迫不得已的情况之下，李、郭二人率军向长安城进发。他们收拾董卓残兵达10 多万人，于初平三年（192年）五月将长安包围起来，由于长安城内吕布的坚守，李、郭与之相持8天攻不下城。后因吕布之兵发生内乱，李、郭之兵才得以攻进 城中。李、郭汜联军的凶残比起董卓真是有过之而无不及，王允被杀，吕布率残部投奔袁术。献帝落入李、郭汜之手，晋升李为车骑校尉，郭汜为后将军，两 人共掌朝政。李、郭二人动不动就威胁献帝要割掉他的脑袋，可怜的献帝终日食不知味，夜不能眠。兴平元年（194年），献帝行加冕礼，改年号为兴平。
次年即兴平二年（195年），李、郭汜二人又因相互猜忌而最终兵刃相见。李派人胁迫汉献帝出宫，暂时取得了主动权。接着，他纵兵入宫大肆烧杀抢劫， 宫阙被焚烧殆尽。献帝无奈派大臣到郭汜营中调和，郭汜嚣张地扣留了几位大臣。此时，献帝不过是李、郭争斗的一种工具罢了。后来，献帝在董承等大臣的保护下 逃离李、郭汜两路人马的追堵。经过千辛万苦，于当年十二月逃到了安邑，兴平三年（196年）七月回到了故都洛阳。洛阳城在经过董卓之兵的毁灭、破坏之 下，人丁稀少，只剩断瓦残垣，一片荒凉，满目疮痍。
献帝在李、郭之争中，处境最是悲惨。他不仅在政治上成为了李、郭争斗的工具，在生活上更是凄惨到有时连饮食都难以供应。虽贵为天子却沦落到如此田地，辗转流徙于豪强军阀之间，生命都难以保证，献帝再也无心去实现他的任何政治理想和恢复刘家祖业的心志了。
