秦未统一天下前，秦人有自己的祭祀，诸国各有奉祀之神。秦灭六国后，就有统一规划天下祭祀之政策出台：规定“天地名山大川鬼神”的祭祀时间，祭祀物品“牲牛犊牢具币各异”，由祠官祭奉，皇帝经过时亦祭；由于各地祭祠之多非政府所能管辖，故又有变通，“郡县远方神祠者，民各自奉祠，不领于天子之祝官”（《史记·封禅书》）。名山、大川祭祀外，秦政府管辖的祭典，以都城咸阳附近的雍四最为尊贵，祭白、青、黄、赤四帝（四帝是各主一方的上帝）；环绕雍四的是祭日、月、二十八宿等祀所一百余处。雍四及环边祭祀，因位于城邑的四郊，故称“外祀”或“郊祀”。其祭祀对象复杂，以祭天为主，兼祭其他。
雍四分每年四时之祭和三年一次之祀：前者似由祠官代天子行礼，后者由皇帝亲斋戒行礼，但并不至四之所，而是在咸阳旁郊遥拜，以沿途相连的烽火，将郊祀之意达于四。郊祀所用牺牲皆瘗埋，不设俎豆礼器。秦人也重视祖先祭祀。看来，宗庙护佑是平定天下之原因。秦二世时，“增始皇寝庙牺牲及山川百祀之礼”（《史记·秦始皇本纪》），尊始皇庙为祖庙，并按古制立七庙，后多毁于战乱。宗庙社稷位于城邑之中或附近，相对“外祀”而称“内祀”。此外，秦始皇还将当时流行的五德始终古人把繁复的自然现象概括为金、木、水、火、土五种元素，用生克来说明五种元素间转化和制约的关系，如金克木、木生火之类，叫“五行”。战国齐人邹衍一派用五行来解释人事，说帝王换代、王朝兴衰都按五行生克的规律循环相承，叫“五德之运”。秦为水德，以十月为岁首，色尚黑；水主阴，阴主刑杀，这是秦以严刑酷法治民的依据之一。说引入政治，用以证明秦代周而立的合理性，阴阳五行思想对官方祀典和政治理论的影响自此而彰。
楚汉战争时，在雍增立黑帝北，配齐了五帝之数，复置太祝等官，还下诏说：“吾甚重祠而敬祭。今上帝之祭及山川诸神当祠者，各以其时礼祠之如故。”（《汉书·郊祀志》）同时，作为新王朝建立象征，令百姓除秦社稷，立汉社稷。高祖下令在长安置祠祝官、女巫；置“七巫”祠，各有祠祭对象，如梁巫祠天、地之属，晋巫祠五帝等，秦巫祠社主等，且岁时皆祠宫中。部分民间祭祀已融入官方祀典。武帝时，灭南越，增“越巫”而成“八巫”。成帝时，八巫虽被废除，但此后又复置。为兴农祈年，刘邦还下令天下郡县遍设灵星祠，以祭后稷（周人祖先，后演变为谷神）。从张家山汉简来看，祝、卜等特殊人员也受朝廷认可，学童通过考试方有从业资格，“以祝十四章试祝学童，能诵七千言以上者，乃得为祝”。《张家山汉墓竹简》［二四七号墓］，第204页。民间“社”的祠祀活动，朝廷也是顺其自然。文帝时，将诸侯国内的名山大川祭祀权收归中央，令太祝之官按秦之祀礼岁时祭祀；并增加“雍五”的祭祀物品，提升其规格；他还听信方士之话，立渭阳五帝庙，祭礼沿用秦“雍五”之制；又在长门立五帝坛，以五牢之礼致祭。景帝遵之，无有所兴。
武帝“尤敬鬼神”（《史记·封禅书》）、迷仙道，其在位时是汉代国家祀典改变的重要时期。除封禅外，郊祀尤为突出。武帝时的郊祀，起初只限于雍五，后增加太一祠（太）、后土祠。太一祠，是祠官宽舒仿亳（今山东曹县）人谬忌之太一坛而立。谬忌的太一坛可能是儒生仿古郊祀礼而作。特点是在“五帝”上加“太一”，并将五帝视为太一的辅佐。这是它与雍五、渭阳五帝庙及长门五帝坛不同之处。太一坛分三层，上层是太一之位，中层是五帝之位，下层是群神之坛，列其他众神。五帝与五行相配，各主一方。黄帝五行方位属土，本应居中；但太一已占据中央，黄帝只能屈居西南。祭祀之礼也以太一为尊。以太一神为首，以五帝神为佐，统领其他诸神，一个新的天神系统形成。后世天神崇拜，除将太一改称昊天上帝外，余则大体遵从汉人尊崇之格局。祭天之祠已备，祭地之祠宜立。武帝于汾阴立后土祠。雍五祭五帝（属右扶风），太一祠祭天（属左冯翊），后土祠祭地（属河东郡，近左冯翊），国家祀典之三大祭祀中心确立，郊祀范围较之往古大了许多。对汉究竟属五德之何德，武帝也有改弦更张之举。汉初朝廷虽尚水德（与秦同），但改尚土德的呼声，始终存在。太初元年（前104），武帝按土德改制，以正月为岁首，色尚黄。
武帝后，除宣帝立新祠外，诸帝多遵尚旧仪，祭祀也继续采取多元化策略。元、成以来，思想的影响，在祭祀中也渐显现，宗庙、郊祀之改革，成一时争论焦点。
据古礼记载，周代宗庙制度森严，王室宗庙中设祖庙及三昭三穆；西汉时，这种集合性的宗庙消失，代之以每个皇帝的家庙。汉初，刘邦令诸侯王于其都立太上皇庙，惠帝时尊高帝庙为太祖庙；景帝尊文帝庙为太宗庙；高帝、文帝巡行之郡国，亦各立太祖、太宗庙。宣帝尊武帝庙为世宗庙，其巡幸郡国亦立世宗庙。京师自高祖下至宣帝，及太上皇、悼皇考（宣帝父），又于各自陵墓旁立庙。诸庙寝祭祀各有规定，“日祭于寝，月祭于庙，时祭于便殿。寝，日四上食。庙，岁二十五祠。便殿，岁四祠。”（《汉书·韦玄成传》）加之其他寝园，如孝文太后、戾太子等，一年祠祭所耗财力、物力、人力巨大。在儒者出身的执政大臣看来，“汉家宗庙祭祀多不应古礼”，好“儒术”之元帝又“是其言”（《汉书·郊祀志》），故元帝时有宗庙改革：先是罢此前诸帝所立郡国庙，后据“七庙”说而立迭毁之制。这场宗庙改革是以周代庙制为改制方向。依据亡者与在位君王之亲疏远近，决定其庙存毁与否。与迭毁关连者，是、之祭。从《汉书·韦玄成传》来看，祭，将毁庙与未毁庙的神主，按左昭右穆之次序（父为昭，子为穆），置于太祖神主两边，举行合祭；祭，是帝王祭其祖所自出，以祖配天。何庙该存该毁，争议旷日持久，一些庙时毁时复。虽如此，七庙、迭毁、、昭穆等制，成为此后汉宗庙改革之基本原则。
成帝时，丞相匡衡等人就汉郊祀制度，提出反对意见：一则，天子居于长安，离诸祠太远，跋山涉水，既险且累，且劳民伤财；二则，太在长安北，后土祠在长安东，有悖“祭天于南郊”、“瘗地于北郊”（《汉书·郊祀志》）之古制；三则，雍四及陈宝祠乃秦所妄立，黑帝北系汉初礼仪未定时所立，或不应遵从，或不宜复修。匡衡还指出武帝太奢华之弊，请求除去太一祠的奢饰及祭礼祭仪。这几乎全部颠覆武帝时所立制度。后，匡衡等人提出“长安厨官、县官给祠，郡国、候神方士使者所祠”，“不应礼，或复重”（《汉书·郊祀志》）者宜罢省。匡衡等人的郊祀改革目标，简言之，一是将诸祭祀对象集中于长安南北郊受祀；二是根据“应礼”与否，整顿地方祠祀，区别“礼”与“巫”。成帝采纳匡衡等人建议，将太移至长安南郊，罢省雍五、陈宝祠等众祠，大规模裁撤汉初以来旧祠，长安南北郊祭天地、五帝之制初具雏形。此后情况又有反复。元始五年（5），平帝采纳等人建议，终确立长安南北郊之祭：置太于长安南郊以应天，后土祠于长安北郊以应地，五帝于长安四郊各如其位；称“太一”为“皇天上帝”，“后土”为“皇地后”（《汉书·郊祀志》）。这一制度遂奠定后世郊祀之格局。
东汉一代祀典变动较少。郊祀礼基本遵行西汉末之南北郊制，祭祀群神有五帝、五岳等1 500多种；仿西汉末王莽所建明堂、辟雍的形制，光武帝于洛阳南郊重建明堂。明堂作为一座综合性的礼仪建筑，集祭天敬祖、文治教化功能于一身，在儒家思想世界中具有浓厚的象征精神。东汉祀典中最引人瞩目的是陵墓祭祀。古代宗庙最重要的部分是庙、寝，前者是举行祭祀典礼的地方，后者象征死者生前休息闲晏之处。秦汉时，寝被移至陵园内，庙也附着于墓地（此前的庙筑于城内）。
东汉初，庙仍是举行重大祭祀的法定地点；明帝初，将元旦时百官朝拜大典移至光武之原陵内，随即将最重要的庙祭“酎祭礼”移至陵墓。陵墓祭祀与宗庙祭祀之别在于，前者重视直系血缘关系的上代祖先，重近亲，寄托对死者的哀思；后者重视的是参与建邦的天神人鬼，重远祖，“以佐王建保邦国”（《周礼·春官宗伯》）。刘秀称帝，一方面奉祀西汉皇室系统，以示承继大统；一方面又要祭祀本宗世系，以示亲亲之意。从光武帝时起，就将直系祖先的祭祀移至原陵举行，高庙虽存，但祭祀重心已被有意识移至陵墓，明帝不过是承继光武所开先例而已，完成从庙至墓、从祀宗到祭祖的演变。风气一开，朝野效仿，“盖又因上陵之制，士大夫仿之，皆立祠堂于墓所，庶人之家不能立祠，则祭于墓，相习成俗也。”（《陔余丛考》）这也使“庙”或“祠”的作用，由“降神”变为“栖神”之所，“起石立祠堂，冀两亲魂灵有所依止。”永田英正编：《汉代石刻集成·图版、释文篇》，第110页。
封禅是秦汉时最隆重的国家祀典。之父司马谈因未能参加武帝的封禅活动，抱憾终生，封禅在当时人心中的重要性、神圣性由此不难想见。封禅据说是远古流传下来的祭天大典。在泰山顶上筑土为坛祭天，报天之功，为封；在泰山下小山上除地（除去地上的草木）为，报地之功，为禅。秦汉封禅泰山有三。第一，始皇封禅。秦始皇二十八年（前219），始皇巡行至泰山，召齐鲁儒生议定封禅，但因“议各乖异，难施用”（《史记·封禅书》），故用秦祀雍上帝之礼以行封禅。第二，汉武封禅。元封元年（前110），在议封禅礼不定时，武帝“乃自制仪，采儒术以文”（《汉书·宽传》），行封禅事。这两次封禅，尤其是汉武封禅，长生、求仙是重要动机；如何行礼已不可知，“恐所施用非是，乃秘其事”（《续汉书·祭祀志》）。第三，光武封禅。建武三十年（54），臣下奏请行封禅大典，被刘秀坚决否定；建武三十二年（56），光武帝夜读谶纬，决定应符命封禅，礼仪详备，见《后汉书·祭祀志》。深受儒家熏陶的光武帝，在封禅大典的刻石上，除表明天命所归外，无一字及于为自己求取福佑，而是申述“亲巡黎元，恭肃神，惠恤耆老”，希望封禅能“以承灵瑞，以为兆民，永兹一宇，垂于后昆”（《后汉书·祭祀志》）。不论光武为国为民的表白是否属实，至少不再是不加掩饰的追求一己之福。这从根本上标志着国家祭祀观念的转变。
祭祀之目的在于祈福。文帝在明令禁止“秘祝之官移过于下”的旧制后，又说道，“今吾闻祠官祝，皆归福朕躬，不为百姓”（《史记·孝文本纪》）。显然此前官方祭祀目的之一，是为皇帝个人祈福攘灾，带有浓厚的巫术祭祀色彩。秦皇、汉武所进行的大规模祭祀，追求长生不老的私心更是明显。
为获得神灵眷顾，各种祭祀泛滥开来；人、神沟通的祠、坛，普遍设置于全国各地；沟通人、神的灵媒，如方士、巫者，社会影响力不容小觑。如果将这种祭祀视为神祠祭祀的话，则儒家礼制观念下的祭祀自有特征。就先秦儒学而言，礼学似重在统治者的身体仪态之礼，较欠缺有关国家祭祀制度的理论。武帝以后，《礼记》、《仪礼》等经典受儒者重视，并成为构建儒家祭祀观念的关键。儒家祭祀观念特征在于：天子参与宇宙秩序的建构与安定，从而使全体生民的生活得以顺利进行。虽仍肯定祭祀祈福的观念，但重新定义所谓的“福”：福不再是世间所说之福，而是顺从宇宙的根本原理。祭祀中的器物、仪式虽不可少，“顺”却体现在“诚信”、“忠敬”。换言之，沟通人与神的已不再是物（如牺牲、礼物）或灵媒而是祭祀者本身，祭祀的核心要素由巫术性的外物转为祭者的内心状态，如忠、敬、孝、诚、信。儒家这种祭祀观念，支配了西汉后期的郊祀、宗庙改革，使皇帝在承天命为“天下”人民代表的同时，兼有布政教化、敷设礼制于人间之新职责。
郊祀、宗庙、封禅等国家祀典，是以自然、祖先崇拜为主。虽说有时会与民众信仰纠结，如崇拜者身份、崇拜对象或有重叠，但终究与一般百姓生活疏远。这就使得民众信仰有了生存空间。在生活大环境相对不变的背景下，自古以来即存在于社会中的信仰习俗，依然在秦汉社会中延续；较突出或新涌现的，有西王母、原始道教等。
秦汉简牍中屡见的《日书》，是认识民众信仰的新资料。这些以选择时日吉凶为主内容的禁忌书，所关注的问题有出行、裁衣、住居、婚姻等，其主要使用者是当时社会的中下阶层人士。从《日书》的记载来看，秦汉人生活的世界，从衣食住行到生老病死，是充满禁忌的世界。比如，何日出行、出行方向、何日归程，等等，均有禁忌，一旦选择不慎，就要招致灾殃，或有性命之虞。又如，春三月庚辛、夏三月壬癸、秋三月甲乙、冬三月丙丁，均不能修建住宅；如筑宅，家中男主人要丧命或患重病。《日书》中的种种禁忌，并非仅是文字的表述，在现实中亦发挥作用。王充《论衡》中的《四讳》、《讥日》、《卜筮》等篇，所举当时汉人的禁忌有丧葬、出行、嫁娶等项，实际上均可在秦汉《日书》简中找见对应的篇章。“不择吉日，不避岁月，触鬼逢神，忌时相害”（《论衡·辨祟》）之俗，确实弥漫于秦汉社会，尤其是一般民众之中。一些禁忌相当严酷甚至暴虐，故有地方长官移风易俗之举。武威地区，“其俗多妖忌，凡二月、五月产子及与父母同月生者，悉杀之”（《后汉书·张奂传》）。五月产子的禁忌，并不限于武威地区，《风俗通义》记载，“俗说：五月五日生子，男害父，女害母。”武威太守张奂严加赏罚、规劝引导，风俗遂改。
西王母信仰至迟在战国时代已存在，但在汉代官方和民间中更为流行。西汉时，西王母是官方祠祀对象之一，且由级别较高的郡国守相奉祠。哀帝建平四年（前3），有离奇的“西王母事件”发生。是年春大旱，“关东民传行西王母筹，经历郡国，西入关至京师。民又会聚祠西王母，或夜持火上屋，击鼓号呼相惊恐”（《汉书·哀帝纪》）。所谓“传行西王母筹”，是说百姓手持一根禾秆或麻秆，相互传送，经历26郡国而至长安；夏，“京师郡国民聚会里巷仟佰……歌舞祠西王母”（《汉书·五行志》），至秋方止。“西王母事件”的原因不详，其在民众中的影响却由此可见。西王母信仰的出现、发展，似与当时人的求仙活动有关：在汉代的画像砖石艺术中，西王母常是仙人世界的中心。
以地方性习俗和信仰而言，祭祀土地的“社”最为普遍。官方所立社至县为止，“县常以春二月及时腊祠社稷”；县以下由百姓自行组织，“民里社各自财以祠”（《史记·封禅书》）。民间社祭的对象，也不局限于地，一些地方上出现了以本朝人为社神或配祀社的情形，如汝阴令宋登死后，“汝阴人配社祠之”（《后汉书·儒林传》）。
在秦汉人祭祀或信仰世界中，巫者是不容忽略的特殊群体。当时，人们普遍相信现实、自然世界外，还有一个“鬼神世界”的社会。沟通生者与鬼神的媒介人物，主要是巫者（巫觋）、方士，在社会生活中仍有一席之地，虽说其地位较之往古已跌至极点。巫者的职事主要在于交通鬼神，替人祈福解祸，或祸害他人。他们利用鬼神的力量，所能影响、控制的祸福之事，包括疾病、水旱、生育、丧葬及战争（如诅咒对方），而这些事项和当时人祈福避祸之求又正好相应。他们通过祈请、辟除、役使祈请，是利用祭祀、祷告的手段，祈请鬼神满足人之欲求；辟除，是利用某些鬼神畏恶的物、事，以威吓或驱除鬼神，使之无法为害于人；役使，是指利用咒语、符书以命令鬼神，使之供人役使。等法，指导民众在生活行事中趋吉避凶。当社会或个人遭遇灾祸时，对巫者的依赖和需求增大，使得他们的影响力大增，或借机煽惑、领导反抗活动。东汉末的太平道、五斗米道，大体可视为此种情形之凸显。东汉末，天灾疫疠频仍，人事战祸不断，流民、灾民激增。此时，用符水咒说疗病，或者为病者请祷，在太平道、五斗米道中均存。就其吸引民众的手段来说，似与巫者所行之法无异。“五斗米道”又被称为“米巫”（《隶释》），显现出它们的性质与魏晋道教不同，只能被视为原始道教或道教前身而已。
