努尔哈赤在统一女真各部的战争中，取得节节胜利。随着势力扩大，人口增多，他于明朝万历二十九年(1601)建立黄、白、红、蓝四旗，称为正黄、正白、正红、正蓝，旗皆纯色。四十三年，努尔哈赤为适应满族社会发展的需要，在原有牛录制的基础上，创建了八旗制度，即在原有的四旗之外，增编镶黄、镶白、镶红、镶蓝四旗(镶，俗写亦作厢)。旗帜除四整色旗外，黄、白、蓝均镶以红，红镶以白。把后金管辖下的所有人都编在旗内。其制规定：每300人为1牛录，设牛录额真1人;5 牛录为1甲喇，设甲喇额真1人;5甲喇为1固山，设固山额真1人。据史籍记载，当时编有满洲牛录308个，蒙古牛录76个，汉军牛录16个，共400个。此时所编设的八旗，即后来的满洲八旗。清太宗时，又建立蒙古八旗和汉军八旗，旗制与满洲八旗同。八旗由皇帝、诸王、贝勒控制，旗制终清未改。初建时，不但在军事上发挥重要作用，而且具有行政和生产职能。清朝统一，太宗皇太极为加强对旗人的束缚，增强了八旗制的军事职能，并为扩大军事实力和笼络人心，又建立了汉军八旗和蒙古八旗。各旗有军营、前锋营、骁骑营、健锐营和步军营等常规伍，司禁卫，云梯和布阵等职。另外，设立了相礼营、虎枪营、火器营和神机营等特殊营伍，演习摔跤、射箭、刺虎和操练检枪等。由于清初诸帝很重视枪炮武功等实战本领，八旗军在平定三藩，收台湾各抵御沙俄侵略等战斗中都取得了辉煌战绩。八旗兵分为京营和驻防两类。京营是守卫京师的八旗军的总称，由朗卫和兵卫组成。侍卫皇室的人。称朗卫，且必须是出身镶黄、正黄和正白上三旗的旗人，如紫禁城内午门、东西华门、神武门等由上三旗守卫。
八旗组织中蒙古旗与汉军旗的建立比满洲旗稍晚。清太宗皇太极天聪三年(1629)时，已有蒙古二旗的记载，称为左右二营。八年改称左翼兵和右翼兵。九年，后金在征服察哈尔蒙古后，对众多的蒙古壮丁进行了一次大规模的编审，正式编为蒙古八旗，旗制与满洲八旗同。汉军单独编为一旗，据考证是在天聪五年正月(一说天聪七年)。皇太极崇德二年(1637)分汉军为二旗，旗色玄青，四年分二旗官兵为四旗，七年正式编为汉军八旗，旗色与满洲八旗同。从明万历四十三年八旗制度建立，直到清崇德七年才完成八旗组织三个部分二十四旗的组织建设，八旗每一旗下都包括满洲、蒙古、汉军三个部分。
八旗又有上三旗与下五旗的区别。顺治七年(1650)底多尔衮死后，清世祖福临为了加强对八旗的控制，对八旗的顺序进行了调整。由皇帝控制的镶黄、正黄、正白三旗，称为上三旗;由诸王、贝勒统辖的正红、镶红、正蓝、镶蓝、镶白五旗，称为下五旗，此后终清未改。上三旗较下五旗为崇，是皇帝的亲兵，担任禁卫皇宫等任务，下五旗驻守京师及各地。雍正为进一步加强中央集权，削弱诸王、贝勒对各旗的控制，严格区分下五旗中的旗分佐领(俗称外佐领)和府属佐领(俗称内佐领)的隶属关系。下五旗中的主要部分旗分佐领，实际上也由皇帝直接控制。诸王及贝勒仅能控制其府属佐领。又以镶黄、正白、镶白、正蓝四旗居左，称为左翼;正黄、正红、镶红、镶蓝四旗居右，称为右翼。
