子婴的身世并无定论。
一是秦二世的侄子。《秦始皇本纪》：立二世之兄子（这种说法认为兄子就是兄长的儿子）公子婴为秦王。
二是秦始皇之弟。《李斯列传》：高（赵高）自知天弗与，群臣弗许，乃召始皇弟，授之玺。子婴即位，患之，乃称疾不听事，与宦者韩谈及其子谋杀高。
三是秦二世的兄长。这一派认为《秦始皇本纪》的有关章句应该理解为：立二世之兄、子婴为秦王。
从东汉班固一直到近、现代修订出版的《辞海》和《辞源》，多采用第一种说法，又指子婴是二世长兄扶苏的儿子。
亦有论者支持第二说，论点包括：
子婴的遭遇、才干及影响力并非任何属秦二世同辈或后辈者所能企及。
